Studium je čtyřleté, zakončené bakalářskou prací a státní závěrečnou zkouškou. Prezenční forma studia (přednášky a semináře povinných předmětů) probíhá 1 x týdně ve všední den ve večerních hodinách (dosud 1. a 2. ročník ve středu, 3. a 4. ročník ve čtvrtek od 17:30 hod). Kromě toho studenti absolvují na začátku každého akademického roku (v září) desetidenní intenzívní studijní soustředění mimo Prahu a každý semestr víkendový teologický seminář. Studenti 2. a 3. ročníku absolvují nejméně dva povinně-volitelné semináře. Studenti mají také možnost volit si z další nabídky výběrových předmětů (např. řečtinu, hebrejštinu).
Koncepce studia vychází z předpokladu, že současná společnost potřebuje, aby vysokoškolsky vzdělaní lidé byli nejenom úzce specializovaní odborníci nýbrž lidé s širokým rozhledem a schopností rozhodovat se ve složitých situacích, které vyžadují nejenom odbornost ale i etickou zodpovědnost (ať už v oblasti lékařské, právní, ekonomické, politické nebo novinářské). To nezáleží pouze na množství vědomostí, nýbrž také na schopnosti tyto vědomosti zpracovat a aplikovat. Proto je v rámci studijního programu kladen důraz na diskusi, samostatný písemný projev a individuální kontakt studenta a učitele.
Studium i doprovodné programy umožňují studentům různých profesí (lékaři, přírodovědci, právníci, ekonomové, technici, pedagogové, historici atd.) a z různých církví (především z církve římskokatolické, evangelické a husitské, ale i dalších církví) rozšiřovat si svůj rozhled v rovině odborné i světonázorové. V prakticky orientovaných seminářích jsou studenti vedeni ke konkrétní práci na poli různých současných společenských problémů (semináře o sektách, problematice romského etnika, výchovné práci ve vězeňství, mediální kultuře aj.). Obecně by absolventi měli být schopni mezicírkevního, mezináboženského i obecně společenského dialogu, jehož prostřednictvím by měli nabízet pozitivní alternativu, např. vůči fundamentalistickým a sektářským postojům, ovlivňujícím současný veřejný i soukromý život. Absolventi jsou připraveni k ekumenicky otevřené a teologicky poučené práci v oblasti své vlastní odbornosti i k práci v různých formách církevních a společenských aktivit. Více na webových stránkách Institutu ekumenických studií.